Foldit: Descifrar las 3D de las proteínas jugando

En una de nuestras últimas entradas reflexionábamos acerca del uso que se le podría dar a internet en el campo de la bioinformática, argumentando que a través de internet personas con inquietudes o aptitudes en este campo que no puedan trabajar en un laboratorio, pueden aportar su granazo de arena a diferentes áreas.

Entre estas áreas nombrábamos el "descframiento" de la estructura tridimensional de las proteínas. Las proteínas, los grandes "hacedores" del interior de las células deben sus funciones y capacidades a cómo están plegadas. Las proteínas son largas cadenas de aminoácidos unidos químicamente mediante un enlace peptídico. La virtud de estos enlaces es que no son rígidos, pueden adoptar muchísimas configuraciones espaciales (virtud para la vida... porque para los investigadores es un verdadero rompecabezas).

Esta "flexibilidad" de los enlaces peptídicos no es absoluta, depende de los aminoácidos que hay a lado y lado del enlace... Cada aminoácido (y hay 20) tiene unas propiedades físicoquímicas propias que generan unas cargas a su alrededor. Al unirse dos aminoácidos estas cargas -entre otros factores- influyen en la posición que éstos adoptarán a lado y lado del enlace. Si unimos 2 aminoácidos cualesquiera... obtenemos 400 posibles parejas de aminoácidos, unidas por 400 enlaces peptídicos "diferentes" que pueden adoptar, cada uno de ellos, distintas configuraciones.

¡Ah! Si creéis que la cosa se complica, no ha hecho nada más que empezar. Cuando a esta pareja de aminoácidos se le une el tercero... los tres influyen sobre todos los enlaces peptídicos (dos en este caso). Y las tiras de aminoácidos que forman las proteínas contienen desde decenas a ¡miles! de aminoácidos. Si cada aminoácido puede, potencialmente, influir sobre el resto de enlaces... nos encontramos ante una verdadera animalada de posibilidades.

Éste es uno de los grandes (enormes, superlativos, descomunales, monstruosos) retos a los que se enfrentan los biológos moleculares este siglo. La alegría es que la ciencia ya se ha puesto las pilas en el uso de internet para estos menesteres. Gracias a mi gran amigo David, me he enterado de la iniciativa Foldit, a través de la cual se pretende, mediante un juego tipo Tetris, utilizar la "potencia de cálculo" de miles de usuarios y ordenadores, para trabajar sobre este complejo y aparentemente inabarcable rompecabezas tridimensional. Si es que está todo (o casi) inventado... como bien dijo -apócrifamente- el Comisionado de Patentes Charles H. Duell ¡el 1899! (Todo lo que puede ser inventado ya ha sido inventado).

Podéis obtener más información sobre Foldit en su propia página web (http://www.fold.it), y en este artículo de R.Bosco y S.Caldana para El País.

Image: Wikimedia