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30/1/09

FoxP2. X. La vía molecular

La vía molecular
A pesar que FoxP2 se descubrió en pulmón (parece que haga siglos, pero fue el 2001), su rápida implicación en el lenguaje copó todos los estudios relacionados con él. O casi todos. Una pequeña aldea de Pennsylvania se resistía a la corriente general y publicaron este artículo en el que se demuestra el papel de FoxP2 en el desarrollo de pulmón y esófago... parece pues que FoxP2 no es exclusivo de cerebro, dato que suele obviarse en todos los artículos de "ciencia" de los medios que hablan de él.

Seguramente debido a la implicación de la proteína FoxP2 en múltiples procesos, los ratones que no presentan ninguna copia de este gen (ni por parte de la madre, ni del padre) no llegan a nacer. ¿Cómo hacer para estudiar la falta de este gen? Una posibilidad es la desarrollada en este artículo en el que se generan ratones mutantes condicionales para la falta de FoxP2. En estos ratones el gen para la FoxP2 está flanqueado por secuencias Lox. Estas secuencias son reconocidas por una enzima llamada recombinasa Cre, eliminando el gen FoxP2 (si queréis saber un poco más cómo funciona este mecanismo, os recomiendo esta antigua entrada). Como somos capaces de controlar cuándo y dónde se expresa esta recombinasa Cre, podemos tener un ratón normal en el que en algún momento y lugar deja de haber FoxP2. Si os fijáis es parecido al caso de los pájaros interferidos del que hablamos hace un par de entradas.

Otra ruta investigadora que está floreciendo es el de las distintas formas de FoxP2. Como hemos comentado hace unas entradas (en "La perspectiva humana"), la combinación de los distintos exones del gen (las partes que se leen) genera diferentes proteínas FoxP2. Pero, como empieza a ser habitual para un gran número de genes, a esta variabilidad combnatoria de los exones (por splicing alternativo) hay que añadirla una funte nueva de "diversidad" proteica: los diferentes sitios donde se empieza a transcribir el gen. Es como si Una frase tuviese Diferentes mayúsculas señalando el inicio de la lectura. Podrías empezar a leer desde cualquiera de esas mayúsculas, pero entonces la frase variaría de significado.

Desde el principio de su descubrimiento se sabe que FoxP2 es un factor de transcripción. Los factores de transcripción se unen al DNA de las secuencias reguladoras de otros genes y determinan cuándo, cómo, dónde y en qué cantidad se expresarán. Si FoxP2 es uno de estos factores, ¿qué genes controla? Diferentes artículos han intentado responder a esta casi inabarcable cuestión (por ejemplo, éste o éste). Con los datos de éstos y otros artículos se han empezado a describir los genes que podrían estar implicados en el lenguaje (pensadlo así, si FoxP2 tiene algo que ver con el lenguaje y su función es controlar la expresión de estos "nuevos" genes, algunos de ellos tendrán algo que decir con respecto al habla, ¿no creéis?). Esta creciente red de genes putativos del habla empiezan a conformar lo que se ha denominado ellexinoma. La mera existencia del lexinoma ya contradice plenamente la idea de que FoxP2 es el gen del habla... pero en demasiadas ocasiones se le sigue denominando así.

Y acabamos ya. No os voy a dar más la tabarra con el FoxP2. Lo que empezó siendo una entrada corta se me ha convertido en una Serie Divulgativa de pleno derecho... espero no haberos aburrido. El fin último de toda esta parrafada inacabable era intentar dejar claro que la identificación del gen FoxP2 como "el gen del habla" es una tontería amplificada por los medios de comunicación. El habla y el lenguaje son características y habilidades extremadamente complejas que no pueden circunscribirse a la acción de una sola proteína. Además, esta proteína (como casi todas) también se encuentra, con variaciones, en el resto de los vertebrados. Y, por si faltasen evidencias, no es única del cerebro, también se expresa en pulmones y esófago (entre otros), controlando su desarrollo. En fin, como muy bien explicó Quim en El gen de los ojos verdes, no hay un gen para cada una de nuestras características. Por mucho que venda titulares, o consiga publicaciones y financiación, el afirmarlo.

Como colofón, recomendaros esta recopilación hecha por un experto en la materia, A. Benítez-Burraco, publicada en castellano en La Revista de Neurología (en dos partes: [1] y [2].

Hablamos... jejeje, no he podido evitarlo. Tendré el FoxP2 demasiado activado. O inactivado. ¡Qué se yo!


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27/1/09

Falsas esperanzas en las noticias de ciencia.

A ver. Estoy un poco calentito. El jueves 22 de enero de 2009 apareció este artículo en el periódico ADN: "Un fármaco contra la diabetes es anticáncer". ¡Ya está! Con este titular, todos curados. Venga, así, ¡a pelo!

Pero aún hay más. Durante el artículo se nos habla de la metformina, fármaco utilizado para el tratamiento de la diabetes de tipo II. Leyendo el artículo se nos informa que, según las investigaciones del ICO y el IdIBGi de Girona publicadas en las revistas Cell Cycle y Annals of Oncology, la metformina tiene también "un efecto anticancerígeno en uno de los cánceres de mama más dañino, el llamado HER2 positivo".

Un par de cosas:

  1. Es de buena educación citar a los firmantes de los artículos. Normalmente se suele citar al primero -el que ha hecho la mayor parte del trabajo- y el último -normalmente el que ha dirigido el trabajo. Pero no poner nada es feo. Los firmantes de ambos artículos son: A. Vazquez-Martin, C. Oliveras-Ferraros, S. del Barco, B. Martin-Castillo y J. A. Menendez.

  2. Los artículos son de libre acceso. Ya sabemos que en la versión impresa no se pueden poner links, pero sí se puede poner que son de libre acceso. En la versión digital si que no tiene perdón el obviarlos. Aquí los tenéis: El artículo del Cell Cycle y la carta al editor del Annals of Oncology


Y ahora al tajo. ¿Pero a qué demente se le ocurre titular así un artículo de esta índole? ¿En base a qué se ha redactado el contenido de la noticia? Supongo que de la espectacularidad. Los trabajos son interesantes, estoy de acuerdo. Y siendo nacionales, se merecen estar en el periódico, como otros muchos trabajos de investigadores del país. Pero el tratamiento de la noticia es un atentado contra la decencia. A ver. Si tuviésemos la desgracia de sufrir o conocer a un familiar cercano que padeciese "uno de los cánceres más dañinos, el HER2 positivo" (sic), ¿no pensaríais, tras leer el periódico, que queréis que os apliquen este tratamiento milagroso? ¿No reclamaríais a gritos una inyección de metformina, por caridad? Si no os lo diesen, ¿no pensaríais que vuestro oncólogo es un inútil que no está al día de las ultimas "noticias"? ¿No empezaríais a dudar de todo? ¿Y si la cosa fuera a más... ? No quiero ni pensarlo.

Tal y como está redactada la noticia, es falsa. Lo que han confirmado los investigadores de Girona, en sendos artículos válidos y aceptados por dos revistas diferentes, (y si el cansancio e ha peritido entenderlo bien) es que la metformina disminuye la cantidad de HER2 expresada en células, que interfiere en la vía de señalización de la AMPK-survivina, y que, sorprendentemente, la metformina realiza estas acciones a través, precisamente, de la HER2. Todos estos resultados se han obtenido en células en cultivo. No hay ni un sólo experimento en animales; ni, muchísimo menos, en humanos.

¿Creéis que estos resultados, por interesantes científicamente que sean, merecen un tratamiento tan superficial y sensacionalista? ¿Las falsas esperanzas que genera no deberían hacer reflexionar al redactor? ¿Sabía lo que se hacía? Lo peor, es que creo que sí.

Añadido posterior: Diana ha buscado en la página clinicaltrial.gov si había algún tratamiento con metformina en fase clínica en humanos. Sí lo hay, éste, pero está en fase I, la más temprana, en la que sólo participa un reducido número de pacientes. Los resultados de los artículos comentados más arriba servirían, en este caso, para afinar mejor el tratamiento o la adecuación del mismo a cada uno de los pacientes.


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25/1/09

FoxP2. IX. La vía evolutiva.

La vía evolutiva
La relación de FoxP2 con la evolución humana es tan antigua casi como el descubrimiento del gen. Cualquier cosa que nos haga diferentes a los animales es bienvenida... y los científicos lo saben y lo aprovechan. FoxP2 es uno de los pocos genes conocidos por no-genéticos o no-biológos... por las páginas de noticias científicas de periódicos que acaparó. Pero, como siempre, la información venía sesgada y exagerada. Ni es el único gen del lenguaje, ni es exclusivo de los humanos (ni siquiera de los primates). Pero estos datos no le quitan importancia al estudio de la evolución del lenguaje articulado y gramatical del que disponen todos los humanos. En este sentido, destacar un artículo de la Revista de Neurología, firmado por A. Ardilla, en el que se postula que la base gramatical del lenguaje sería posterior a la léxicosemántica. La base lexicosemántica, según el autor, habría surgido hace unos 300.000 años y, por tanto, la compartiríamos con otros homínidos, mientras que la gramatica tendría "sólo" 50.000 años y sería exclusiva de los H. sapiens

Este es uno de los diferentes artículos sobre el tema que se han ido publicando a lo largo de los años... la polémica estaba servida, como siempre que se entran en discusiones evolutivas. El julio de 2006 apareció un artículo que pretendía resumir todos estos artículos sobre la evolución del lenguaje, intentando aportar una nueva visión para encauzar esta nueva disciplina. No sé si lo consiguió ya que el tema continúa candente como al principio, y más desde que se identificó el mismo gen en los Neandertales (y aquí). En los últimos años se están identificando más y más genes compartidos entre estas dos "especies", y más que aparecerán en el marco del proyecto Genoma del Neandertal. Se añadirán así nuevos datos a la visión molecular de la evolución.


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22/1/09

FoxP2. VIII. La vía animal

La vía animal.
Los primeros pasos en esta vía los dieron los investigadores de las aves cantoras (¿recordáis?), y se siguió con estudios de comparación de secuencia de este gen en diferentes mamíferos, con conclusiones más que discutibles (comentado ya aquí). En el simposio sobre FoxP2 celebrado en 2006 (resumido en este artículo), esta vía tenía un gran peso específico, como se deduce del título del artículo-resumen: "Ratones cantantes, pájaros cantores, y otros: modelos de la función y disfunción de FoxP2 en el habla y el lenguaje humanos". De este artículo me ha llamado la atención que cada autor firma un subapartado, práctica no demasiado común en lo artículos científicos.

¿Qué pueden ser los otros del título? ¡Ah! ¡Cabe de todo! Desde murciélagos ecolocalizadores en los que también se estudian la "aceleración" de la evolución de su FoxP2 hasta monos, en los que se analiza la expresión de FoxP2 y FoxP1, entre otros genes, en su cerebro. Eso sí, siempre sin dejar de lado ni los ratones, ni los pájaros cantores.

En los primeros, se demuestra que FoxP2 no "sólo" participa en el lenguaje, sino que también desempeña un papel importante en el aprendizaje de determinadas habilidades motoras, hecho que tampoco debería sorprender, ya que desde el principio se le suponía este papel por su localización en el cuerpo estriado, precisamente la porción del cerebro implicada en este aprendizaje (refresquemos la memoria, aquí).

Los pájaros cantores han seguido proporcionando artículos a quienes los han utilizado como animales de experimentación. Algunos de los artículos producidos son técnicamente complejos. Sirva de muestra éste en el que consiguen eliminar FoxP2 de una zona concreta del cerebro (En el basal Ganglia Nucleus Area X, que no tengo ni idea de donde se encuentra). Esta supresión la consiguen mediante el uso de lentivirus con los que se consigue introducir un RNA de interferencia (nuestro viejo conocido) para FoxP2 solamente en las células de este área del cerebro. Así se consiguen tener pájaros con un cerebro normal (porque tienen FoxP2 durante todo su crecimiento), pudiendo ver concretamente el papel de esta proteína en pájaros adultos y en esta zona minúscula del cerebro, llegando a la conclusión de que es importante en la imitación de los cantos de otros pájaros. Impresionante, ¿verdad?.

Un apunte sobre cómo funcionan las revistas científicas... aquí tenéis las fechas de entrega y de aceptación y publicación de este artículo: Received: September 25, 2006; Accepted: October 17, 2007; Published: December 4, 2007. Sacad vuestras propias conclusiones...


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20/1/09

Tapando agujeros


Visto el excelente nivel de las últimas entregas, he decidido volver de entre las brumas de vapor de cava y los escarpados macizos de turrón de Alicante para hablar de cuestiones un poco más terrenales, pero no por ello menos importantes desde mi punto de vista.

Hoy me apetece hablar de los estudios científicos en la publicidad. Los que ya me habéis leído conocéis bastante mis opiniones acerca de la alimentación saludable, así que no voy a abundar en el tema. Lo que sí quiero hacer es hablar del último anuncio de Actimel…

Actimel (o sea, Danone) lanza una nueva campaña de su láctico probiótico destinado a madres que, preocupadas por el promiscuo, lascivo y extremamente contagioso intercambio de chupachups en los patios de primaria, deciden reforzar las defensas de sus retoños. Para ello, nos colocan a Susanna Griso (periodista y MADRE, sobre todo, que nos lo dice porque es MADRE!!!) al frente de una de esos pretenciosos “publirreportajes”, que no son más que simples anuncios vestidos con ropa formalita para parecer un “señor informativo”.

Evidentemente la elección es maliciosa: Pese a que la señora Griso ha sido seducida por el lado oscuro de la tele (cosa que en Antena-3 no es del todo difícil, porque es la emisora del emperador Palpatine, igual que la COPE es de Darth Vader), sus orígenes en informativos (empezando por TV3 y Catalunya Ràdio!) le otorgan una pátina de credibilidad muy conveniente para transportar el mensaje del anuncio. ¿Y cuál es ese mensaje? Pues una sandez que yo definiría como “barbaridad científica que trata de ampararse en la supuesta ignorancia de los receptores”. Dicho en cristiano: el muñeco del publirreportaje no tiene estómago porque si lo tuviera no lo entenderíais, estúpidos; hablamos de “barreras protectoras” y “agujeros en la barrera” que son tapados por los Lactobacilus casei porque (pese a la brutal trola que supone) la imagen es más comprensible para vosotros, cabestros televisivos. Sólo hay algo peor que a uno lo llamen imbécil: que lo hagan desde la condescendencia de quien cree ser superior intelectualmente.

La manipulación de los conceptos científicos por las empresas que tratan de vender productos es una variante de algo que ha existido desde tiempos inmemoriales: la gente trata de vender su mercancía diciendo que proporciona lo que el público busca, y el público compra. ¿Debe la ley intervenir contra el anuncio de Vegas Playboy porque el modelo del anuncio se lleva a una pedazo de gachí con el “boost” de ingenio que le da la susodicha colonia? Obviamente no. Entonces ¿Por qué debería el estado (u otra autoridad) intervenir en un caso como este? Pues, desde mi punto de vista, porque su mensaje actúa directamente a decisiones sobre nuestra salud y nuestra nutrición.
Lo divertido del asunto es que, cuando me documentaba un poco sobre el caso para escribiros, me he encontrado con una supuesta polémica que ha circulado sobre los efectos perniciosos del L. casei que ha provocado una intervención del estado… a favor de los pobrecillos de Danone!!! O sea, no protegen al televidente de la mala información científica contenida en los pseudoestudios con los que algunas compañías se fundamentan (avalados por universidades tan prestigiosas y poco politizadas como la de Navarra (donde no se enseña la evolución), como es el caso de Actimel) sino que protegen a la compañía cuando algún cenutrio con aún menos seso que ellos saca el bulo de que “si tomas Actimel por un tiempo prolongado tu cuerpo deja de producir L. casei imunitas de forma natural”. Eso sí, para que el gobierno aprenda a ayudar a las inocentes compañías multinacionales, atentos a cómo Danone utiliza el bulo para sacar del gobierno un comunicado que dice no sólo que el organismo no produce Lactobacilus casei y que por tanto el Actimel no suplanta ni elimina ninguna actividad natural del cuerpo (que sería desmentir el bulo) sino para hacerles escribir que “existe documentación escrita en revistas que acredita los beneficios del L casei imunitas”. ¡GOOOOOOOOOOOOOOOOOOL! Se oye desde la grada del consejo de administración de Danone. Muy bien, sí señor. Mi gobierno no sólo no se moja para defenderme de publicidades exageradas con informaciones de un reduccionismo insultante, no. Además me hace anuncios institucionales de marcas comerciales que son beneficiosas para la salud.
Por decir algo bueno, mencionar que el comunicado completo (que podéis leer aquí) es, exceptuando el gol que se han dejado colar, un ejemplo de información comedida y veraz alrededor de la cuestión (mencionando que cada día ingerimos millones de L casei si comemos cualquier lácteo, etc).
La verdad es que me da un poco de pena que sea precisamente este producto, al que ciertamente avalan diferentes estudios científicos (ver aquí) el que elija publicitarse desde el terror, el esoterismo (auras protectoras) y la pseudociencia.
Para otro día dejamos las empresas de agua embotellada, la delgadez y la buena marcha de nuestros riñones: que alguien encuentre un artículo de alguna sociedad de nefrología seria que diga que hay que enchufarse 2 litros de agua para ayudar al riñón, o uno de endocrinos que digan que el agua elimina la grasa… ¿Para cuándo el comunicado gubernamental impulsado por las asociaciones de consumidores que diga que ambas ideas son falacias?


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18/1/09

FoxP2. VII. La perspectiva humana (2)

Previosuly on FoxP2...

Tras la descripción de la relación de FoxP2 con algunas deficiencias en el habla de una familia, los estudios sobre este gen se centran en su posible papel sobre el lenguaje y la evolució de éste. Los estudios descritos en los capítulos se realizaban sobre un número cada vez mayor de especies.

Bufff... Por aquí parece que no avanzamos. Volvamos a los humanos. A pesar de las diferentes pruebas que indican que FoxP2 no es, ni mucho menos, el único gen implicado en la aparición del habla, se siguen publicando artículos como éste en el que se postula que el cambio en la evolución humana que llevaría de un lenguaje gestual a uno vocal articulado se habría dado en diferentes pasos, el último de los cuales ocurriendo hace 100.000 años y correspondiendo a la mutación de FoxP2. ¿Una sola mutación? ¿Por qué FoxP2? ¿Por qué no poner "y en el último paso, se darían mutaciones en uno o más genes que conducirían hasta la situación descrita? Sospecho que el efecto "publicitario" de FoxP2 tenía mucho que ver... Poner FoxP2 en uno de tus artículos aseguraba un plus a las posibilidades de publicación y financiación.

Como hemos podido observar hasta el 2005 los artículos publicados se centraban en el papel "a gran escala" de las mutaciones de FoxP2. Es decir qué síntomas presentaban los organismos cuando tenían mutado o carecían de este gen. En septiembre de 2006 aparecía un completo artículo en el que focalizaban su investigación en el efecto de las mutaciones de FoxP2 sobre la proteína en sí, utilizando para ell líneas celulares humanas establecidas. Gracias a estos análisis empezaron a conocerse mejor las funciones y localizaciones de la proteína codificada por este gen, así como los aminoácidos concretos que participaban en estas funciones. Recordad que las proteínas son tiras de aminoácidos que se pliegan de una forma tridimensional característica que es la que determina sus propiedades. Hay aminoácidos que desempeñan un papel más importante que otros en funciones concretas de la proteína. Los estudios de este artículo (de libre acceso) identificaron a buena parte de los aminoácidos implicados en la localización celular (dónde tiene que encontrarse la proteína), la unión al DNA (recordemos que FoxP2 es un factor de transcripción que se une al DNA y controla la expresión de otors genes), la función transactivadora (la cual determina esta activación de la transcripción) y la dimerización (FoxP2 actúa en parejas, como la guardia civil). Además, en el artículo se analizan las diferentes formas que se producen por splicing alternativo. Muchos de nuestros genes pueden dar lugar a variaciones de una proteína uniendo de manera distinta los diferentes exones que presentan (para una explicación un poco más extensa, ojearos esta entrada anterior obre Alus y exones). Este artículo sirvió como pistoletazo de salida para otros artículos basados en la funcionalidad y localización de esta proteína, como este,

A partir de este momento se pueden seguir tres grandes vías de investigación referentes a FoxP2

  • La vía animal, centrada en el estudio de este gen en animales "comunicativos" (a pesar de que, como hemos visto, el gen se encuentra en todos los vertebrados, "hablen" o no "hablen")
  • La vía evolutiva, centrada en la justifiación de FoxP2 como un gen importante en la evolución humana
  • La vía molecular, la más activa en los últimos años

Las siguientes entradas las dedicaremos a cada una de estas tres "vías de investigación".

Image: G3Pro, Wikimedia commons.


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11/1/09

FoxP2. VI. La perspectiva humana (1)

Previously on FoxP2...

El 2005 FoxP2, el "gen del habla", ha recorrido un largo camino en 4 años... pasando de los pulmones de ratón [1] al cerebro de una familia de humanos con deficiencias en el habla [2] y de aquí a los pájaros cantores [4]. Pero aún quedan 3 años por delante...

2005: El cerco se cierra y se expanden las especies
2005 es otro de los años importantes para la fama de FoxP2 ya que se describieron nuevos casos de alteraciones del habla ligadas a modificaciones de este gen en pacientes sin ningún parentesco con nuestra ya famosa familia KE inicial. De 49 afectados por trastornos del habla, 3 presentaban "fallos" en FoxP2. Los focos se encendían de nuevo. (El mismo mes en que aparecía este nuevo artículo, se publicaba un extenso trabajo de un investigador de Sevilla, A. Benítez Burraco, en dos partes, I, y II)

Un mes después se publica un trabajo con ratones en los que el gen FoxP2 está alterado. Los ratones con las dos copias "malas" del gen presentaban alteraciones graves de la movilidad y muerte prematura. La cosa iba en serio. Si, en cambio, sólo tenían una copia alterada (eran heterozigotos) tenían desórdenes en su vocalización "ultrasónica" (la llamada entre cría y madre es inaudible para los humanos), sin ver afectada su memoria o su capacidad de aprendizaje. FoxP2 parecía, por tanto, desarrollar un papel importante también en la "vocalización" de los roedores. En este estudio sitúan la expresión de FoxP2 en el cerebelo, que no es el cuerpo estriado, pero también participa en la "memoria" que hemos comentado antes y en los movimientos precisos y repetitivos, como hablar (para algunas personas más que para otras).

Mientras, otros trabajos investigaban sobre la secuencia espacial y temporal de la expresión de FoxP2 en peces cebra. Básicamente, dónde y cuándo se fabrica la proteína FoxP2 durante la formación del cerebro y cerebelo de esta especie. Nuevas especies. Nuevos datos. Nuevos artículos.


Image: Wikimedia


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9/1/09

Foldit: Descifrar las 3D de las proteínas jugando

En una de nuestras últimas entradas reflexionábamos acerca del uso que se le podría dar a internet en el campo de la bioinformática, argumentando que a través de internet personas con inquietudes o aptitudes en este campo que no puedan trabajar en un laboratorio, pueden aportar su granazo de arena a diferentes áreas.

Entre estas áreas nombrábamos el "descframiento" de la estructura tridimensional de las proteínas. Las proteínas, los grandes "hacedores" del interior de las células deben sus funciones y capacidades a cómo están plegadas. Las proteínas son largas cadenas de aminoácidos unidos químicamente mediante un enlace peptídico. La virtud de estos enlaces es que no son rígidos, pueden adoptar muchísimas configuraciones espaciales (virtud para la vida... porque para los investigadores es un verdadero rompecabezas).

Esta "flexibilidad" de los enlaces peptídicos no es absoluta, depende de los aminoácidos que hay a lado y lado del enlace... Cada aminoácido (y hay 20) tiene unas propiedades físicoquímicas propias que generan unas cargas a su alrededor. Al unirse dos aminoácidos estas cargas -entre otros factores- influyen en la posición que éstos adoptarán a lado y lado del enlace. Si unimos 2 aminoácidos cualesquiera... obtenemos 400 posibles parejas de aminoácidos, unidas por 400 enlaces peptídicos "diferentes" que pueden adoptar, cada uno de ellos, distintas configuraciones.

¡Ah! Si creéis que la cosa se complica, no ha hecho nada más que empezar. Cuando a esta pareja de aminoácidos se le une el tercero... los tres influyen sobre todos los enlaces peptídicos (dos en este caso). Y las tiras de aminoácidos que forman las proteínas contienen desde decenas a ¡miles! de aminoácidos. Si cada aminoácido puede, potencialmente, influir sobre el resto de enlaces... nos encontramos ante una verdadera animalada de posibilidades.

Éste es uno de los grandes (enormes, superlativos, descomunales, monstruosos) retos a los que se enfrentan los biológos moleculares este siglo. La alegría es que la ciencia ya se ha puesto las pilas en el uso de internet para estos menesteres. Gracias a mi gran amigo David, me he enterado de la iniciativa Foldit, a través de la cual se pretende, mediante un juego tipo Tetris, utilizar la "potencia de cálculo" de miles de usuarios y ordenadores, para trabajar sobre este complejo y aparentemente inabarcable rompecabezas tridimensional. Si es que está todo (o casi) inventado... como bien dijo -apócrifamente- el Comisionado de Patentes Charles H. Duell ¡el 1899! (Todo lo que puede ser inventado ya ha sido inventado).

Podéis obtener más información sobre Foldit en su propia página web (http://www.fold.it), y en este artículo de R.Bosco y S.Caldana para El País.


Image: Wikimedia


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7/1/09

Lab Basics (10): Pinta y colorea (células)

Finalizamos esta serie de divulgación explicando una de las técnicas más espectaculares que se aplican en biología molecular: la microscopía por fluorescencia, o cómo distinguir las diferentes partes de la célula o localizar proteínas o trozos de secuencia marcándolas con colores.

La técnica más corriente es la de inmunofluorescencia, o marcaje por anticuerpos. Las células en cultivo pueden inmobilizarse fijándolas con metanol o paraformaldehído al portaobjetos de microscopía donde se han dejado crecer, o dejarlas vivas y funcionando en placas especiales que permitirán realizar las labores de microscopía respetando las necesidades ambientales de la célula. Hacer perrerías a las células mientras las mantienes vivas es difícil puesto hay que conservar las condiciones óptimas de pH, temperatura, intercambio de gases...mientras lucen ante las cámaras. Por eso lo más habitual es fijarlas con una solución que mantenga fija sus estructura y las deje "congeladas". A continuación se aplican tratamientos de permeabilización de la membrana para que entren los anticuerpos.

Marcando con anticuerpos proteínas específicas de cada orgánulo celular o utilizando otras moléculas que se unen a proteínas o lípidos, podemos localizar todos los compartimentos de la célula: membrana, mitocondrias, retículo endoplasmático...así como localizar nuestra proteína de interés (podemos saber si está repartida por todo el citoplasma, se concentra en el núcleo, se localiza en la membrana...etc).
Los anticuerpos se producen en animales de granja (rata, ratón, oveja, cabra, y a veces pollo, caballo, burro...) inyectando la proteína exógena y desangrando posteriormente el animal. Normalmente de usa primero un anticuerpo que detecta la proteína y después un anticuerpo secundario que detecta al primero y que está unido a una moléclula que emite fluorescencia (fluoróforo). Una batería de anticuerpos secundarios con diferente marcaje, desarrollados en animales diferentes a los del anticuerpo primario, forma parte de la equipación de cualquier microscopista.

En la siguiente imagen casera, el núcleo celular está teñido con DAPI (emite fluorescencia en el espectro del azul), los lisosomas están detectados con un anticuerpo conjugado con un fluoróforo en verde y el retículo endoplasmático, marcado en rojo.



Es importante que los espectros de fluorescencia de las diferentes regiones marcadas no se solapen (un marcaje debe ser en el espectro del verde y otro en el del rojo, por ejemplo). La colocalización de una proteína marcada con un color con un orgánulo marcado con otro color se pone de manifiesto por el color de la fluorescencia resultante (por ejemplo, si rojo y verde colocalizan se percibe fluorescencia amarilla).



Las mismas técnicas se pueden aplicar en cortes de tejido.



Otra alternativa, en vez de preocuparnos de los anticuerpos, es fusionar la proteína de interés a otra que emita fluorescencia, como ya anticipamos en una entrada anterior. Es el caso de las famosas proteínas de fusión derivadas de la Green Fluorescent Protein (GFP), obtenida a partir de una medusa que emite de forma natural fluorecencia y que por mutagénesis ha permitido desarrollar variantes de diferentes colores (roja, amarilla, azul...). Transfectando las células con dicho vector, fabricarán nuestra proteína de interés que llevará colgando el pequeño farolillo de la proteína fluorescente, lo cual nos permitirá también localizar su posición o valorar la interacción con otras proteínas. Fijaós si es importante esta técnica que los investigadores que la desarrollaron ganaron el Premio Nobel de Química en 2008.

También se puede añadir a nuestra proteína de interés cualquier otra secuencia contra la cual podamos dirigir un anticuerpo o alguna molécula que reaccione y permita su detección. En definitiva, lo que queremos es utilizar la ingeniería genética o el marcaje natural por anticuerpos para ponerle un banderín detectable a nuestra proteína.

Por último, mediante sondas (secuencias de ADN complementarias a nuestra secuencia de interés) fluorescentes o radiactivas, podemos localizar nuestro gen en un conjunto de cromosomas. Una aplicación típica es la detección de trisomías a nivel prenatal(si hay tres puntos de color en vez de dos, es que tenemos una copia extra de ese gen!).



Y aconsejando un paseo por alguna galería de imágenes de microscopía profesionales para descubrir lo que dan de sí estas técnicas, concluimos nuestra serie de diez entradas resumidas que pretendían explicar, de forma superficial, algunas de las técnicas más comunes y utilizadas en los laboratorios de biología molecular. Tras la somera descripción se esconden técnicas caras y largas de realizar, que a menudo entrañan dificultades técnicas nada desdeñables, pero que en todo caso son de común aplicación y conocidas por la mayor parte de científicos. Sirva esto como acercamiento a una profesión sumamente desconocida, compleja, frustrante y a la vez sumamente creativa y gratificante (¡¡cuando tu esfuerzo se traduce en el resultado esperado!!).


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5/1/09

Con lo bien que íbamos: Google cancela su Research Datasets

Conocida es mi debilidad por la sección de ciencias de Público. Me han quedado por destacar muchas de las noticias que he leído en ella durante este año largo que lleva publicándose (es casi del mismo día que nuestro blog). Quizás porque es víspera de reyes y no quiero extenderme con una nueva entrada de FoxP2, hoy no voy a resistirme a la tentación.

El primer artículo, de Jacob Petrus, es un estudio sobre el clima en España del siglo XVI al XIX... a través de los registros eclesiásticos. Muy curioso... y totalmente lógico.

El segundo artículo es un portador de malas noticias. También es pública nuestra debilidad por las revistas que ofrecen sus artículos gratuitos a través de internet (con PlosOne a la cabeza), ya que la ciencia debe tender a la democratización. Hay determinadas disciplinas o "técnicas" científicas que podrían ser accesibles a un gran número de gente. Quién sabe, quizás haya algún genial bioinformático que no ha estudiado nunca biología y que no podrá trabajar jamás en un laboratorio, pero sí podrá realizar estudios comparando secuencias, estudiando árboles filogenéticos, o -por qué no-, desarrollando algortimos para deducir la estructura tridimensional de cualquier proteína. Para ninguna de estas acciones es necesaria la bata. Google también se había apuntado al carro de la ciencia libre a través de su proyecto Google Research Datasets. Pero la crisis avanza implacable, y Google ha decidido cancelarlo.

El tercer artículo que os quería recomendar es "La cara B de la ciencia: goles que causan terremotos", de Javier Yanes. Apareció en la página 30 del número de 4 de enero de 2008, pero no lo he podido encontrar en su versión digital, y la versión en pdf me da algún tipo de error. Si lo encontráis, decídmelo y cuelgo el link.


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3/1/09

El mundo... ¿perdido?

El 1912, sir Arthur Conan Doyle publicó su novela "El mundo perdido". El 1925 apareció la famosa película basada en la novela (disponible en siete partes en youtube: 1, 2, 3, 4, 5, 6, y 7). En ellas un grupo de expedicionarios explora un ignoto rincón del mundo donde conviven seres humanos, mamíferos extintos... y dinosaurios (de aquí el nombre de la novela de Michael Crichton, Jurassic Park, The Lost World). Durante décadas esta película contribuyó a crear el mito de que los dinosaurios y los humanos habían convivido, a pesar de que les separan 65 millones de años (si, si, 65.000.000 de años, un porrón, vamos).

Aquí podéis ver la quinta parte, con unas bonitas escenas de dinosaurios artesanales.

Se tardaron décadas en deshacer el entuerto... y nunca del todo. Siempre ha quedado un porcentaje de la gente que no ha tenido muy claro que los dinosaurios se extinguieron muuuucho antes de los humanos. Mucho antes que algunos de los más conocidos mamíferos extintos, como los mamuts o los tigres dientes de sable... Para muchos de vosotros todo esto es una obviedad, pero para muchos de los que vieron la película en el 1925 y en los años posteriores, les pareció perfectamente plausible y real...

Hoy he visto el trailer de la tercera entrega de Ice Age, que lleva como subtítulo: "El origen de los dinosaurios". ¿Mamuts, perezosos y dientes de sable con dinosaurios? Como error histórico no está nada mal (un número de 8 cifras debería impresionar a cualquiera). Pero, ¿qué más da? Si es sólo una película para niños... y la Evolución se explica en una asignatura optativa que no todos los alumnos cursarán.


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1/1/09

Año Darwin: 15 joyas evolutivas (Nature)

La evolución no es una teoría, es un hecho demostrable y demostrado. El nombre de "Teoría de la Evolución" es un escollo en la aceptación de la misma. Durante estos 150 años se han acumulado miles de evidencias a su favor, muchas de las cuales son obviadas, olvidadas o ignoradas por quienes ven en la Evolución una amenaza a... ¿qué? ¿a quién? Si hay un ser todopoderoso que ha creado todo lo que vemos, ¿no resulta más reconfortante pensar que ha creado una "ley" que permite la adaptación y evolución de su creación, que pensar que lo hizo todo tal cual es de golpe, dejándonos falsas pistas? En el mundo de los videojuegos se aprecia más al programador que diseña un juego adaptable, maleable, cambiante... que no al programador que genera un videojuego totalmente cerrado y previsible. ¿Por qué? Porque se sabe que es mucho más complejo lo primero... Y un ser omnisciente, omnipresente y omnipotente tiene pinta de ser muy y muy complejo. Omnicomplejo, de hecho. Ups. Me estoy metiendo en un bonito fregado... dejadme salir de puntillas.

A lo que íbamos. En el último número de Nature, los editores recomiendan una página web donde han recopilado las 15 "joyas evolutivas", para todos aquellos que quieran contribuir a "difundir la palabra" (literalmente: scientists and their institutions to ‘spread the word’ and highlight reasons) de la Evolución. Aunque pueda hacer gracia la elección de esta frase, y atacando directamente mi primer párrafo, el uso de "narrativa religiosa" en estos temas creo que le quita credibilidad al asunto. Pero no seré yo quien critique esta gran iniciativa, que espero llegue a muchos hogares, inscrita en el especial que esta revista dedica al año Darwin

Visto también en Wired, vía Menéame.

¡Feliz año nuevo!


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