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27/2/09

Serie completa: Biotolkien II. Desarrollo embrionario.

Tras la primera entrega de la serie de Biotolkien (Cruces) llegó esta segunda parte centrada en el desarrollo embrionario. ¿Realmente el mundo de Tolkien da para explicar el desarrollo embrionario? Bueno, si os montáis a lomos de este dragón alado sabréis cómo podría funcionar uno de los poderes del Anillo Único y, de aquí, iremos, de nuevo a la Comarca, para acabar oyendo cuentos sobre huargos y mûmakil. ¿Os parece un buen inicio de aventura? ¿O mejor quedamos en un privado de una posada de camino?

Aquí podéis ver los capítulos de esta serie divulgativa...

1. Los genes Hox
Es imposible entender el desarrollo embrionario sin conocer estos importantísimos genes

2. Dragones
Después de una introducción teórica, el planteamiento de un problema... ¿de dónde vienen las alas de los dragones?

3. Teoría evolutiva de los dragones
Propuesta de pasos evolutivos que podrían haber conducido a la aparición evolutiva de los dragones

4. Evo-Devo
Interludio teórico sobre la relación entre el desarrollo embrionario (Devo) y la Evolución (Evo)

5. El anillo único
¿El anillo único? ¿Aquí? Amo no nos quiere... Gollum. Gollum.

6. Pedohombres
Modificando el tiempo de desarrollo de las especies: hobbits.

7. Peramorfosis
Cuando el tiempo se ralentiza aparecen huargos, mûmakils y... ¿humanos?. ¿Pedohombres o Peraelfos?


Images: Wikimedia commons


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24/2/09

Manera friki de felicitar los 30 años

Hoy es un día especial que requiere un regalo especial. Está bien tener una reproducción del periódico del día que naciste, con Júpiter dopando la portada entera. Suele ser un regalo habitual. Pero... ¿y la ciencia? ¿Qué se cocía aquel día?

El 24 de febrero del 1979 se publicaron 218 artículos, 3 de ellos reviews. De los 3 reviews, uno en inglés (Control farmacológico de los ciclos reproductivos), uno en alemán (Cambios en las analíticas de los pacientes internos de la unidad de medicina interna), y uno en francés (Evolución reciente (sic) de la metodología psiquiátrica en Francia, ¡ah! ¡vive le chovinismo!).

Ese fue un día políglota en el campo de las publicaciones científicas ya que sacaron número ese día las revistas British Medical Journal (con un número dedicado a los accidentes de tráfico), el South African Medical Journal (escrita en Afrikaans), el Schweizerische medizinische Wochenschrift, La Nouvelle presse médicale, The Medical journal of Australia, el Nederlands tijdschrift voor geneeskunde y The Lancet.

Todos los artículos tenían un perfil claramente clínico. No se publicó ningún artículo de genética o de biología molecular. Y es que estas dos disciplinas han vivido un auténtico boom que el 1979 estaba aún por llegar

Para acabar, los artículos más curiosos:


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22/2/09

Expasy: Mapa general de las rutas celulares

Hablábamos hace poco de la complejidad de las vías metabólicas y de señalización de la célula. Pues bien, acabo de ver, vía Menéame, esta imagen en la que se puede apreciar, a la vez, la complejidad de las reacciones metabólicas de una célula, aquellas que transforman los compuestos orgánicos de unos a otros para obtener determinadas moléculas, o energía.

De la imagen querría destacar los dos ciclos centrales y las dos espirales a su izquierda

  • El ciclo grande es el ciclo de Kreb, o ciclo de los citratos. Es mediante esta serie de reacciones secuenciales que los restos de la molécula de glucosa pasan a CO2 y moléculas energéticas.
  • El ciclo más pequeño, situado bajo el primero, es el ciclo de la urea. Mediante este ciclo degradamos las proteínas. Si este ciclo falla, puede subir el ácido úrico, provocando gota.
  • Las espirales representan las reacciones de oxidación de los ácidos grasos. Estas reacciones permiten aprovechar la energía contenida en estos compuestos. La base de los ácidos grasos es su esqueleto de carbono, una ristra de carbonos de longitud variable. Mediante las reacciones en espiral se va reduciendo, de dos en dos, estas cadenas de carbono, obteniendo moléculas energéticas en el proceso.


Hermanada con este enorme esquema, tenemos esta otra imagen en la que podemos apreciar las relaciones entre los diferentes procesos celulares y moleculares que conocemos en la actualidad. Impresionante, ¿no creéis?

Y ya que estamos, aprovecho para recomendaros la página que aloja esta imagen: Expasy, del servicio de proteómica del Instituto Suizo de Bioinformática. En esta página encontraréis enlaces a bases de datos y herramientas para trabajar y entender la bioquímica y la biología molecular.


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20/2/09

En el (ADS)L: Entradas interes(ADN)tes, 20-02-09

Esta semana hemos leído y os recomendamos:

  • El café descafeinado y la huella que deja sobre la mesa, de Genciencia. Seguro que nunca os habréis preguntado porqué las manchas del café tienen los bordes más oscuros que el interior. Aquí tenéis la genial respuesta. Y, además, os enteraréis de cómo decafeínan los granos de café. ¿Qué más queréis?

  • Escatología solar: así se destruirá la Tierra, de eCiencia. Un precioso juego del gato y el ratón entre las diferentes catástrofes cosmológicas y una supuesta humanidad buscando sitio donde detenerse. Vale mucho la pena.


Y además:

  • Células artificiales: modelos simples para estructuras complejas (en inglés) de Biosingularity. ¿Hacer una célula artificial les parece una tarea "simple"? Al leer la entrada queda más claro que lo que han realizado es un modelo de citoplasma, el líquido que contiene las proteínas y los orgánulos celulares. El citoplasma no sería tampoco sencillo, pero lo es más que un célula. ¿Aceptamos pulpo como modelo simple?

  • Las bacterias activas, por 'control remoto', virus que son letales para otras bacterias de Ecuador ciencia. Muy buena explicación aunque con un título desafortunado. El trabajo del equipo valenciano de José R Penadés trata de la diferente mortalidad que se observa en dos bacterias diferentes en presencia de agua oxigenada (generada por una de ellas). Y la clave de esta mortalidad se encuentra en un virus que "pasaba por ahí". No hay intencionalidad ni de las bacterias ni del virus. Tan solo selección natural. Y por el título podría parecer que una bacteria es Michael Night y el virus, Kit. Y no es así. Leyendo la fantástica explicación de la entrada entenderéis el porqué.

  • El peyote (en catalán) de El calaix d'Arquimedes. Interesante entrada sobre esta planta tan utilizada en México.


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18/2/09

Biomimicry, aprender de la naturaleza. Viejas ideas, nuevos vestidos.

Hace unos días, Dani me hizo llegar este link: Solar botanics en el que se explica el proyecto de biomimetizar árboles con pequeñas placas solares en forma de hojas. Estas hojiplacas solares transformarían la luz, el calor y el viento en energía aprovechable. Los mimeárboles tendrían otras muchas funciones útiles, como queda claro en esta otra página.

He estado mirándome los videos en youtube sobre "biomimicry", algo así como biomimetismo. La idea no es mala. Muchas de las tecnologías que intentamos desarrollar ya existen en la naturaleza, perfeccionadas por millones de años de selección natural. Los hilos de las arañas son mejores que muchas de nuestras fibras, los caparazones de ciertos animales son más resistentes que las armaduras, las hojas de los árboles son más eficientes que las centrales solares, los hongos son mejores recicladores de lo que seremos nunca, etc. El "biomimetismo" defiende, o eso he entendido, el estudio de estos "inventos" de la naturaleza para nuestro aprovechamiento, porque así será todo mucho más... ecológico. ¿Seguro?

Si para fabricar los hilos de las arañas se requiere un proceso industrial complejo muy contaminante, no lo veo muy ecológico. Si se desarrollan los mimeárboles y funcionan... ¿no creéis que necesitaremos grandes extensiones de éstos para producir mucha energía? ¿Dónde se plantarán? ¿En antiguos bosques?

En fin... la idea no es mala. Ni es nueva. Muchísimas de las cosas que utilizamos ya son "biomiméticas". A los neobiomiméticos quizás les falla la presentación de sus ideas, más cercanas al Karma que a un laboratorio. Para muestra un botón:



Si quitáis el audio y os imagináis que os están explicando un cuento para niños funciona. Si les suponéis una explicación sobre cómo el dios araña creo el caparazón del mundo, también. Si narráis por encima la historia del advenimiento final de los alienígenas de Aldebarán y las pruebas de que disponemos, también. En fin, un video muy versátil. Y, ¿qué decir de la música final, directamente inspirada en Lost?


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15/2/09

Serie completa: Lab Basics, ¿qué se hace en un laboratorio?

Estamos más que acostumbrados a ver manos enguantadas sosteniendo una placa color rojizo en una mano y una especie de lápiz gordo (pipeta) en la otra. Es la imágen arquetípica del científico moderno con la que nos obsequian todas las cadenas de televisión siempre que hablan de algún nuevo descubrimiento -hecho por españoles- en bioquímica o biología molecular. ¿Es lo único que se hace? ¿Cómo se cocinan los artículos científicos? En esta magnífica serie divulgativa, Helena nos explica las técnicas más comunes empleadas en los laboratorios, técnicas mundanas y repetitivas para quitarle "santidad" y "anunciación" al trabajo de los científicos y becarios. Imprescindible.

Aquí podéis ver todos sus capítulos:

0. Introducción
Declaración de principios de la serie

1. Huertos de células
La materia prima con la que trabajan todos los laboratorios: cultivos celulares. ¿Cómo mantener con vida células inmortales?

2. Obtener la esencia
El DNA y el RNA no son abstracciones de la mente de unos perturbados. Existen. Y se puede trabajar con ellos. El primer paso es obtener disoluciones sólo de DNA o RNA. Aquí podréis saber cómo.

3. Fotocopiando ácidos (I)
Las cantidades de DNA y RNA obtenidas son ínfimas. Para trabajar con ellos se necesitan del orden de millones de copias idénticas de cada fragmento. La PCR acude al rescate

4. Fotocopiando ácidos (II)
La PCR es la técnica en biología molecular y genética. Segunda entrada sobre esta técnica. Para nota

5. Analizando secuencias
Una vez tenemos las copias, hay que saber leerlas. Leer las letras del DNA es lo que ha permitido "secuenciar" el genoma humano. En esta entrada conoceréis cómo se secuencian los ácidos nucleicos

6. Clichando biomoléculas (I)
Faraday y Maxwell dentro de una malla de algas. ¿Sueño daliniano? No, la base de todos los análisis

7. Clichando biomoléculas (II)
La rosa de los vientos. ¿Por qué el este no tiene cabida en un laboratorio? Amigo, este gel no es lo bastante grande para los dos.

8. Corta y pega. Diseña tu propio clon
Sólo con la secuencia de nucleótidos no se puede trabajar sobre el DNA. Necesitamos manipularlo. Las bacterias tienen sus propias tijeras. Y hemos aprendido a usarlas. El collage llevado a su última expresión

9. Fábricas de proteinas
Cerrando el círculo, volvemos a los cultivos celulares, los cuales utilizamos como productores de la proteína que hayamos diseñado con el resto de técnicas. Así se produce, por ejemplo, la insulina inyectable actual

10. Pinta y colorea (células)
Uno de los mejores pasos que ha dado la biología molecular: poder pintar en colores proteínas de la célula. El cinemascope celular.


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13/2/09

El jardín de los senderos que se bifurcan. Tesoros y vías metabólicas y de señalización

Los tesoros escondidos siempre han fascinado a la humanidad. Des del Vellocino de Oro hasta la Isla del Tesoro, pasando por El mundo está loco, loco, loco o Los Goonies, los viajes, los peligros, los misterios, se asocian inevitablemente con la búsqueda de una recompena, material o no. Para llegar al lugar marcado por la X sólo hace falta recuperar los fragmentos del mapa que nos conducirá hasta él. En ocasiones el tesoro es material, en otras, el conocimiento enriquecedor.

Hace casi 60 años se descubrió la estructura del DNA. El primer fragmento del mapa. Se desató entonces la carrera de la biología molecular, con su dogma inicial: "El DNA se transcribe a RNA, y éste se traduce a proteínas". A partir de este momento cada investigador escogió su tesoro.

Hubo intrépidos aventureros que quisieron saber cómo se obtenía energía a partir del azúcar. Uno de ellos fue Hans Adolf Krebbs (aún no sir), quien, con la ayuda de sus olvidados becarios y colaboradores, describió el ciclo que lleva su nombre: El ciclo de Krebs. Para descubrir este ciclo tuvo que reunir las 10-12 partes de su particular mapa del tesoro. Y vio que todas encajaban. Y vio que eso era bueno. Y descansó.

Pero no todos los mapas del tesoro se han mostrado tan... cerrados; tan acabados.Dentro de la célula hay una enorme cantidad de proteínas diferentes. Algunas de éstas, como la decena de piezas del ciclo de Krebs, "hacen cosas", son enzimas. En el caso de las enzimas del ciclo de Krebs, son capaces de transformar unos hidratos de carbono en otros. Cambian de sitio hidrógenos, quitan un carbono generando dióxido de carbono, generan otras moléculas, etc...

Otras proteínas tienen funciones algo diferentes. Se unen a otras proteínas y les "pasan" una señal. La llevas. Esta señal puede ser, por ejemplo, un fosfato (Un átomo de fósforo con 4 de oxígeno). Si eres una proteína determinada, que te enganchen un fosfato, te cambia. Ya no eres la misma. El fosfato altera tu estructura y puede darte poderes (como los rayos gamma), o quitártelos (como la criptonita).Uno de estos poderes puede ser pasarle otro fosfato a otra proteína.

Pero las proteínas no le dan fosfatos a cualquiera. No son tan promiscuas. Cada proteína sólo puede recibir fosfatos de unas proteínas en concreto, y dárselos a otras también determinadas. Así, se tejen verdaderas redes de "comunicación" entre proteínas que puden pasarse la información entre sí. Estas redes son las que hacen funcionar nuestras células.

¿Y dónde está el tesoro? Pues hay muchísimas recompensas escondidas buscando al valiente que quiera excavar bajo la palmera. Desde las células madre hasta el cáncer. Desde las respuestas inmunitarias (alergias) hasta malformaciones de nacimiento. Todo. ¿Dónde está el problema? Pues que los mapas de los tesoros son muchísimo más complejos de lo que se podía preveer. Incluso algunos comparten fragmentos con otros. Imaginaos encontraros 100 mapas de 100 tesoros fabulosos rotos en pedazos tan pequeños que en cada uno de ellos sólo hay una letra -mejor, un ideograma-. Y todos escritos con la misma letra. ¿Cuánto creéis que tardaríamos en ordenarlos todos? Creo que Pierre Menard tardaría menos en finalizar su magna obra.

Para los que tengáis curiosidad en ver la complejidad de algunas de estas vías, y de paso haceros una idea de cómo están las labores de "reconstrucción" actuales, os dejo una serie de links sobre estas vías de señalización y metabólicas
Biocarta
Pathways, de la Universidad de Akron
Kegg standard pathways


Imágenes:
1. Ruta de la glucólisis (sé que os sonará a chino). Wikimedia commons
2. Ciclo de Krebs. Wikimedia commons
3. MAPK pathways. Wikimedia commons.


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11/2/09

En el ADSl: Entradas interes(ADN)tes, 11-02-09

Ante todo, disculparme por haber olvidado esta sección que sé que algunos apreciais, pero el trabajo aprieta...intentaré volver a las buenas costumbres

La semana pasada leímos y os recomendamos:

  • De la misma familia que el protagonista de la última serie, FoxP2, nos encontramos con el gen FOXO3A, al que ya han bautizado (brrrrr, escalofrío por la espalda) como el gen de la longevidad. Podéis leer la noticia en Tendencias21, y en Inmortales y perfectos
  • Vaja pàjarus (En catalán). De Nòmades. Divertida entrada para conocer la inteligencia de ciertas aves, cuervos y keas, que nada tienen que ver con ningún empresario sueco.


Y además os recomendamos...


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8/2/09

Efecto meneame

Uau. Sigo en estado de shock.

Hoy he entrado en el blog para ver cómo iban las visitas y los comentarios y me he encontrado con un aluvión de comentarios en las entradas de Biotolkien I. ¿Tan bien había funcionado la entrada recopilatoria?

Halagado e intrigado a partes iguales, he entrado en el Statcounter para ver qué había pasado y me he encontrado con este dato: Si durante lo que llevamos de año nos han visitado una media de 50 personas diarias, en lo que llevamos de día (domingo, a las 6 de la tarde) ya van 5.000 visitas...(!). Y todo gracias a que alguien ha meneado la entrada. Muchas gracias por considerar que valía la pena compartirla. Ahora ya sé qué es el efecto menéame de que me había hablado Javi.

Y ya que estoy, os quiero comentar un par de cosillas sobre la serie. Esta serie fue una manera de intentar explicar ciertos conceptos de biología de manera divertida y amena, cogiendo como telón de fondo el mundo de Tolkien; éste, pues, era la excusa, el hilo argumental para conducir "el temario" de las series. Espero haber contribuido a dejar un poco más clara alguno de los conceptos que se han tratado en ellas.

En cuanto a mi "particular" modo de ver el mundo de Tolkien... me gustaría añadir que no soy, ni mucho menos, un experto en él, como muchos de vosotros habéis detectado. Algunas de las "lagunas" las había obviado adrede (porque me las reservaba para más adelante, o porque no las consideraba primordiales), mientras que otras no han aparecido por causa de mi desconocimiento. Sólo espero que con lo explicado en ésta, la primera de las series, podáis deducir si estas razas que he omitido son o no son integrantes de "especies" más amplias.

Muchísimas gracias por vuestros comentarios. Dentro de poco recopilaré las entradas de la segunda serie (Biotolkien II. Desarrollo), pero antes irán las de Lab Basics, de Helena, y alguna que otra entrada. Si el trabajo me lo permite intentaré ponerme las pilas con la siguiente tanda de entradas de Biotolkien, las dedicadas a los Ents. ¡Nos vemos!


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6/2/09

Inflamación, reparación de fibras musculares y fibromialgia.

En uno de los comentarios a la entrada "Falsas esperanzas en las noticias de ciencias" (versión en catalán), Francisca nos remetía a un artículo aparecido en 20 minutos sobre la fibromialgia. Y hay que ser justos, si en esa entrada me quejaba del pobre y sesgado tratamiento de una noticia sobre un posible tratamiento para el cáncer de mama publicado en ADN, tengo que reconocer en esta ocasión que el artículo de A. Zanón para 20 minutos cumple con nota alta. Es claro, conciso, riguroso, y deja claro en todo momento que son resultados preliminares; importantes, pero preliinares. Además, cita a uno de los autores del trabajo (Jordi Carbonell de la Unitat de Fibromiàlgia de l'Hospital del Mar de Barcelona).

La fibromialgia es una dolencia que afecta principalmente a mujeres y que se manifiesta en una constante sensación de dolor en los músculos y articulaciones. No hace tanto que ha empezado a ser diagnosticada como tal y no como "el mal de las quejicas". Todo un adelanto. Desde su "reconocimiento" como enfermedad se ha abierto el verdadero camino para descubrir su porqué. ¿Por qué duele todo? El trabajo de los investigadores del Hospital del Mar ha hallado por primera vez una alteración física a nivel de las fibras musculares. Los que hemos sufrido alguna vez una rotura fibrilar (el básquet es lo que tiene) podremos hacernos cargo del dolor que deben soportar diariamente las afectadas.

En la noticia de 20 minutos también se habla de la alteración de la concentración del TNF-alpha que los pacientes presentan en su musculatura. El TNF-alfa es una citoquina, una molécula secretada por las células de nuestro cuerpo involucrada en la respuesta inmunológica e inflamatòria. Aunque normalmente una inflamación se asocia con una situación no muy agradable (cúidate el tobillo, Vero), la inflamación es, muchas veces, el paso previo a la reparación del tejido. En el caso de las fibras musculares este parece ser el caso. Por tanto, encontrar niveles bajos de TNF en pacientes con fibromialgia indicaría que no se disparan los mecanismos inflamatorios que deberían dirigir la reparación de las fibras musculares.
(Image: Wikimedia commons)

Buscando más detalles sobre esta investigación me he encontrado con páginas en las que está muy bien explicada... y para qué intentar explicar algo cuando otro ya lo ha hecho perfectamente:



Estos resultados aún no han sido publicados en ninguna revista científica (creedme, me he vuelto lelo buscándolo en PubMed) sinó que se han dado a conocer en el Congreso del American College of Rheumatology (CR/ARHP 2008, San Francisco), del que podéis ver los resultados más relevantes aquí y aquí.

Y para acabar con las "lecturas recomendadas" os dejo tres enlaces a artículos científicos de libre acceso de los dos últimos años:.
Image: Wikimedia commons


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3/2/09

Serie completa: Biotolkien I. La biología del mundo de Tolkien. Cruces entre especies.

¡Buenas!

Hace tiempo que tenía en la recámara hacer alguna entrada de "recopilación" de Series Divulgativas, en la que os presentase, ordenados, los enlaces a toda una serie divulgativa, para que no tengáis que ir siempre a la barra lateral. (Y, no os lo voy a negar, me permite trampear el día -como hoy- en que no tenía nada preparado). Celebrando que hace poco logré acabar la serie sobre FoxP2, aquí os dejo la primera.

La primera serie divulgativa que vio la luz en este blog fue Biotolkien I, en la que abordábamos la (inútil?) tarea de discernir la relación filogenética entre las supuestas "razas" descritas por J.R.R. Tolkien.

1. Introducción
La más friki de las entradas, donde se presentan las diferentes "razas" o especies que se tratarán

2. Especies y medio-elfos
¿Son humanos y elfos la misma especie?

3. Humanos, elfos y uruk-hais
¿Qué tiene que darse para considerar que dos especies son la misma especie? También presentábamos a los verdaderos protagonistas de esta historia: Los uruk-hai.

4. El sexo de los Uruks
Viaje a la intimidad de estas criaturas nacidas de la "ingeniería genética" medieval

5. La cohabitación con los Uruks
Donde pasamos de puntillas por lo que puede pasar si orcos y humanos se acostasen, y nos acercamos al mundo microscópico de los gámetos orquiles

6. La adicción al alcohol de los gámetos
Tómese una medida de óvulos humanos; añádase dos partes de espermatozoides de orcos; sumerja un cubito en granadina; y sirva en copa de martini estrecha. Tomar muy frío y como un shot.

7. Uruks mulos
¿Para qué hablar de sombragrís, si puedes hablar de mulos? ¿Qué tiene que ver ésto con los Uruks? Tendréis que leeros la entrada...

8. Humacos y oranos
Tigres, tigres; leones, leones. Y de Torrebruno, a la miostatina y cómo esta molécula puede ser la responsable de la mítica fuerza de estas criaturas (los uruks) ¿Serán humacos u oranos?

9. Wolpoff y la teoría zoofíl... perdón, multirregional
¿Podían los humanos cruzarse con todos los homínidos que se encontraban? ¿Considerarían a los orcos, digamos, dignos de su atención?

10. Enanos y hobbits
Y, para finalizar, dirigimos nuestras miradas un poco más hacia el suelo, hacia las "razas" más pequeñas y -ley de novela- más importantes al final. ¿Podrían cruzarse con humanos? ¿Querrían?


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1/2/09

Libros de divulgación científica en Google para hojear

Los que hace un tiempo que nos seguís sabeis que, de vez en cuando, procuramos hablaros de algunos de los libros de divulgación científica que hemos leído (podéis encontrar un puñado aquí). Muchas veces acompañamos -o lo intentamos- la reseña con una imagen de la portada. Lo que no sabía es que podríamos haberla acompañado con muestras del libros que se pueden encontrar, en algunos casos, en Google libros. Hoy os dejo algunas, por si queréis darles un vistazo:

El genoma fluid (comentado aquí)
Convivint amb transgènics (comentado aquí)
Alice in Quantumland (comentado aquí).

El resto de libros comentados no tienen vista previa (o no he sido capaz de encontrarla).

Bonus tracks

Libros interesantes no comentados pero que valen mucho la pena:
Órganos a la carta.
Quan erem caníbals.
Cosmos de Carl Sagan en catalán.


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